El Departamento de Auditoría tiene como objetivo otorgar apoyo al Subsecretario de Prevención del Delito, mediante una estrategia preventiva, proponiendo como producto de su acción, políticas, planes, programas y medidas de control para el fortalecimiento de la gestión institucional y el resguardo de los recursos que le han sido asignados a la Subsecretaría de Prevención del Delito.

El orden interno del  Departamento  se rige según la Resolución exenta N°607 del 26 de julio de 2021.

Actualmente, María Gabriela Rementería Palomino ejerce como jefa del Departamento de Auditoría.